Trước đây, xã An Thạnh 3 thuộc huyện Long Phú.

Ngày 11 tháng 1 năm 2002, Chính phủ ban hành Nghị định số 04/2002/NĐ-CP[2]. Theo đó:

• Chuyển xã An Thạnh 3 về huyện Cù Lao Dung mới thành lập
• Thành lập xã An Thạnh Nam trên cơ sở 2.721,1 ha diện tích tự nhiên và 5.509 người của xã An Thạnh 3.

Sau khi điều chỉnh địa giới hành chính, xã An Thạnh 3 còn lại 4.604,63 ha diện tích tự nhiên và 9.981 người.